武汉早在旧石器时代已有人类居住。江夏八分山勇夫洞内已发掘的旧石器时代遗址，距今约1.8万～1万年。1997年在汉南纱帽山附近江滩上发现一件人类头骨化石，经国内人类学专家鉴定，命名为汉阳人。该头骨化石属于一个25岁～35岁女性，与四川资阳人特征相近，为晚期智人类型，距今约4万～1.5万年。
新石器时代遗址有100多处。经发掘的有武昌放鹰台，汉南纱帽山，黄陂铁门坎，新洲阳逻香炉山，江夏潘柳村、锣鼓包、神墩和东西湖龙王台等。发掘和调查表明，100多处新石器时代遗存前后承续3个文化发展阶段，即大溪文化—屈家岭文化—石家河文化。
体现武汉城邑文明发端的是公元前1500年的商代盘龙城遗址。
盘龙城遗址总面积为南北长1100米、东西长1000米，其中有长宽各达800米的外城和南北长290米、东西宽260米的宫城。其年代仅晚于郑州商城100年，列全国古代都城遗址年代最早的第二位，是全国商代前期城址中保存最好的，也是长江流域最古老、最具规模、最成熟的城市遗址。
盘龙城现在位于接近汉口中心城区北部的边缘，府河北岸的二级台地上，周围河湖交错。古代扼守府河汇入长江的咽喉之地，与今汉口居于汉江汇入长江的地理形势相似，地理位置十分重要。盘龙城遗址的文化层，最早、最下层表现出夏文化（二里岗下层二期至二里岗上层一期）的特征，中间的主要文化层则属于商文化。
盘龙城的主要建筑有前后排列的3座大型宫殿，城壕之外有多处陶窑、铸铜作坊等，北部为一般贵族和平民居住区，东面和西面为墓葬区，其中有大型贵族墓葬。出土有大量陶器和青铜器，以及石器玉器等。其中青铜鼎是全国商代前期青铜器中最大的（高85厘米），青铜簋是最早的，而大型青铜钺（长41厘米）则属罕见。学术界有人认为盘龙城是商王朝在南土的一个方国都邑，也有人认为是中原商朝人南下建立的一个军事据点，但它是商王朝在长江中游的重要港口和通达汉江南北的交通咽喉则是确定无疑的。
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